Fakultas Agama Islam Universitas Islam Syekh-Yusuf (UNIS) Tangerang didirikan pada tahun 1989 melalui Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 35 tahun 1989 tentang Alih Status dari Fakultas Ushuludin menjadi Fakultas Agama Islam Universitas Islam Syekh-Yusuf (UNIS) Tangerang, dimana prodi Pendidikan Agama Islam termasuk salah satu dari 2 prodi (Program Studi Pendidikan Guru Sekolah Dasar/MI (PGSD) dan Pendidikan Agama Islam (PAI) yang ada. Terkait kebijakan penyelenggaraan pendidikan tinggi di lingkungan Kementerian Agama Republik Indonesia, maka Program studi Pendidikan Guru Sekolah SD/MI di tiadakan hanya satu (1) Program Studi yaitu Prodi Pendidikan Agama Islam yang diselenggarakan Fakultas Agama Islam Universitas Islam Syekh-Yusuf (UNIS) Tangerang sampai saat ini.

Fakultas Agama Islam Universitas Islam Syekh-Yusuf (UNIS) beralamat Jl. Maulana Yusuf No. 10, Babakan, Kota Tangerang, nomor telp [021] 5527061-63, email: fai@unis.ac.id website: fai.unis.ac.id Selanjutnya pada tahun 2006 berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Kelembagaan Agama Islam Nomor: DJ.II/DT.II.III/HK.00.5/115/06 tanggal 04 April 2006 tentang Izin Penyelenggaraan Program Studi Jenjang Strata Satu (S-1) Pendidikan Agama Islam. Pada tahun 2011 Prodi Pendidikan Agama Islam (PAI) diperpanjang Ijin Penyelenggarannya sesuai Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor: Dj.I/77/2011 tanggal 21 Januari 2011. Karena sejak didirikan pada tahun 1989, Program Studi Pendidikan Agama Islam belum pernah mengajukan permohonan akreditasi, maka untuk memastikan Program Studi ini masih eksis dan melaksanakan tugas dan fungsinya, maka pada tahun 2006, Untuk memastikan kelayakan pengelolaan Program Studi Pendidikan Agama Islam, maka diajukanlah permohonan penilaian akreditasi Program Studi Pendidikan Agama Islam ke BAN-PT, yang setelah assessment kecukupan dan lapangan visitasi, program studi Pendidikan Agama Islam dinilai layak mengelola program Pendidikan Agama Islam dengan nilai akreditasi “B”, berdasarkan Keputusan BAN-PT, No.019/SK/BAN-PT/AKX/S1/XII/2006 tertanggal 08 Desember 2006, serta dikeluarkannya sertifikat Akreditasi “B” Program Studi Pendidikan Agama Islam Universitas Islam Syekh-Yusuf Tangerang, dan pada tahun 2012 Program Studi Pendidikan Agama Islam memperoleh akreditasi yang ke dua Berdasarkan Keputusan BAN PT No.5138/SK/BAN-PT/Ak/-XV/S1/X/2012 menyatakan bahwa Program Studi Sarjana Pendidikan Agama Islam, Universitas Islam Syekh-Yusuf Tangerang, terakreditasi dengan peringkat Akreditasi B yang berlaku selama 5 tahun dari tanggal 18 Oktober 2012 sampai dengan 18 Oktober 2017. Dan pada tahun 2017 Program Studi Pendidikan Agama Islam memperoleh akreditasi yang ke tiga Berdasarkan Keputusan BAN PT No. No.5138/SK/BAN-PT/Akred/S1/XII/2017 menyatakan bahwa Program Studi Sarjana Pendidikan Agama Islam, Universitas Islam Syekh-yusuf, terakreditasi dengan peringkat Akreditasi B. 

Fakultas Agama Islam Universitas Islam Syekh-Yusuf (UNIS) Tangerang telah berperan aktif dalam pengembangan ilmu pengetahuan bidang pendidikan agama Islam sejak 1989, selain itu juga telah berkontribusi dalam memecahkan berbagai permasalahan pembangunan bangsa. Berbagai karya alumni dan sivitas akademik Fakultas Agama Islam Universitas Islam Syekh-Yusuf (UNIS) Tangerang dalam penelitian dan merancang sistem pembelajaran telah dihasilkan dan diterapkan untuk mengatasi persoalan pembelajaran pendidikan agama Islam di tingkat Provinsi maupun Nasional. Eksistensi Fakultas Agama Islam Universitas Islam Syekh-Yusuf Tangerang dituntut untuk selalu meningkatkan kualitas proses pendidikan, penelitian dan pengabdian pada masyarakat disertai dengan upaya peningkatan relevansinya, dalam rangka persaingan global. Dimasa yang akan datang, Fakultas Agama Islam Universitas Islam Syekh-Yusuf (UNIS) Tangerang diharapkan mampu mensejajarkan dirinya dengan pembelajaran dan lulusan, penelitian dan pengabdian masyarakat, sehingga dapat mengangkat harkat dan martabat bangsa serta masyarakat di wilayah provinsi Banten.